现有实验室购置安全柜，一般在房间腾出一小块空地安放，存在问题很多，安装位置不当，会造成污染。
生物安全柜两侧、后侧应留30 cm，顶部留出足够30～34 cm的空间；为减少气流扰动，保证安全柜正常工作，生物安全柜应放置在远离实验室入口、门窗、暖气、走道，避开送风口，避免外界气流对柜内气流造成扰动。
生物安区柜放置的房间必须有足够的送风量，Ⅱ级A2排气量约在700～1200 m3/h，B2则在1000～1600 m3/h,有的型号更高，如果没有足够的补充送风，生物安全柜所在房间成为高负压状态， 生物安全柜无法正常工作。
很多实验室购置Ⅱ级A2生物安全柜后，认为排风管道接到室外比排到室内安全。其实，生物安全柜排风出口带有高效过滤器，所排出的气体被证明是安全的，对室内环境没有影响；另外，将室内舒适工作环境的洁净空气排到室外会大大增加运行成本，因此，除了操作危险度较高的实验对象或能产生化学气味的化学试剂，Ⅱ级A2生物安全柜排风排到室内是安全可行的。
Ⅱ级A2型生物安全柜采用硬连接，这种连接方式以前被广泛使用，A2型生物安全柜使用密闭硬管连接到带抽风机的排风系统时，其安全运行*依赖于排风系统，如当排风的速度升高或降低，生物安全柜内不平衡发生变化，会产生污染环境、样品的严重后果。
在美国NSF49:2002标准中禁止Ⅱ级A2生物安全柜使用密闭硬管连接。如果Ⅱ级A2安全柜外排气体时，建议排风管采用套管连接，套管安装在生物安全柜的排风管上，与安全柜高效过滤器之间保留2.5 cm的缝隙，以便让房间的空气也能吸入到建筑物的排风系统中，这种连接方式是安全的连接方式，柜内的气流平衡独立与排风系统，无论排风系统如何波动柜内气流平衡都不会受到影响。
Ⅱ级B2必须通过硬管连接，密封地连接到排风系统上，排风系统的排风量和静压必须与安全柜制定要求一致。在安装有多台Ⅱ级B型生物安全柜时，应各自使用独立的排风管道，不能共用排风管道。
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